
Stargate Atlantis met en scène une commission de scientifiques venant de diverses nations de la Terre et de militaires partient explorer la cité des Anciens: Atlantis située dans la galaxie de Pégase. C'est grâce à Daniel que le voyage a été possible car c'est lui qui a trouvé les 8 symboles permettant de la retrouver.
Comme dans Stargate SG-1, les équipes d'explorations se trouvent au fur et à mesure des peuples primitifs, évolués...ainsi que leur principaux ennemis, les wraith qu'ils réveillent malacontreusement lors de leur "premier vortex" depuis Atlantis.
La première équipe d'exploration est composé du Colonel John Sheppard, Teyla Emmagan, Rodney McKay et Ronon Dex.